MELALUI UDARA

1. Pesawat LIon/Wing Air (ATR 72-500)
Kapasitas 70 seat dengan jumlah penerbangan setiap hari dalam seminggu.
Adapun jadwal penerbangan Lion/Wing Air:

* Jakarta - Baubau, Pukul 08.25 WIB (via Makassar)
* Makassar - Baubau, Pukul 16.45 WITA
* Baubau - Makassar, Pukul 07.00 WITA

* Denpasar - Baubau (Scheduled)

2. Pesawat Express Air (Dornier) Express Air
Kapasitas 30 seat dengan jumlah 2 kali penerbangan setiap hari.
Adapun jadwal penerbangan Express Air:

* Jakarta - Baubau, Pukul 05.00 WIB (via Makassar)
* Makassar - Baubau, Pukul 09.15 WITA
* Makassar - Baubau, Pukul 11.00 WITA
* Baubau - Makassar, Pukul 07.50 WITA
* Baubau - Makassar, Pukul 10.05 WITA

3. Merpati Nusantara Air
Kapasitas 56 seat dengan jumlah 1 kali penerbangan setiap hari.
Adapun jadwal penerbangan Merpati Nusantara Air: 

* Jakarta - Baubau, Pukul 05.00 WIB (via Makassar)
* Makassar - Baubau, Pukul 11.50 WITA
* Baubau - Makassar, Pukul 12.50 WITA

MELALUI LAUT

--> Melalui pintu laut dengan menggunakan kapal Pelni yang menyinggahi Pelabuhan Murhum Baubau sebanyak 23 kali dalam sebulan.

--> Lamanya perjalanan laut dari Jakarta ke Baubau hanya ditempuh selama 3 hari,

sedangkan dari Makassar ditempuh selama 13 jam,

--> Fasilitas yang ada dikapal penumpang Pelni sama dengan fasilitas yang ada di hotel bintang III didukung oleh fasilitas kamar yang memadai, restoran serta kafetaria untuk bersantai. Disamping itu, sambil bersantai dapat menikmati keindahan gugusan pulau dan begitu memasuki teluk Buton, puluhan ikan lumba-lumba yang menyambut dan bermain-main disamping kiri kanan kapal.

Beberapa kapal milik negara yang dikelola oleh perusahaan PT. PELNI melayani pelayaran regular kota-kota di Indonesia antara lain Jakarta, Surabaya, Semarang, Makassar, Ambon, Ternate, Namlea, Bitung, Bima, Benoa, Labuan Bajo, Balikpapan, Kijang, Fak-Fak, Kaimana, Banda, Tual, Luwuk, Gorontalo Jayapura, Dobo, dll.

Sementara Kapal Pelni saat ini beroperasi di pelabuhan Murhum Baubau sebanyak 8 (delapan) buah Kapal PT. Pelni diantaranya KM. Lambelu, KM. Sinabung, KM, Bukit Siguntang, KM. Tilongkabila, KM. Doro Londa, KM. Kerinci, KM. Ciremai.