Kota Baubau adalah daerah penghubung (Connecting Area) antara Kawasan Barat Indonesia (KBI) dengan Kawasan Timur Indonesia (KTI). Selain itu bagi masyarakat daerah hinterlandnya (Kab. Buton, Kabupaten Muna, Kab. Wakatobi dan Kab. Bombana), Kota Baubau berperan sebagai daerah akumulator hasil produksi dan distributor kebutuhan daerah tersebut.