Pembangunan bidang kesehatan menjadi bagian penting dan prioritas Pemerintah Kota Baubau selain pendidikan dan peningkatan ekonomi masyarakat. Upaya mendekatkan pelayanan kesehatan bagi masyarakat khususnya masyarakat miskin merupakan strategi utama yang diwujudkan dengan membangun sarana dan prasarana pelayanan kesehatan baik rumah sakit maupun puskesmas dan jaringannya, disertai peningkatan kualitas dan kuantitas tenaga kesehatan.

Selama kurun waktu 2003-2008, Pemerintah Kota Baubau telah membangun berbagai sarana pelayanan kesehatan meliputi: 6 puskesmas perawatan, 10 puskesmas non perawatan, 17 puskesmas pembantu, yang didukung dengan menggerakkan 138 buah Posyandu, 15 unit puskesmas keliling serta 187 orang tenaga medis dan paramedis di Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Kota Baubau dengan orientasi kuratif dan rehabilitatif. Sementara itu untuk kegiatan pengembangan kesehatan masyarakat didukung oleh 19 tenaga medis dan 232 tenaga para medis di puskesmas dan jaringannya.

Perkembangan Ketersediaan Sarana dan Prasarana Pelayanan Kesehatan di Kota Baubau, 2003-2008 :

Sumber Data : Dinas Kesehatan Kota Baubau (2008), diolah.

Dengan semakin meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap pelayanan kesehatan yang berkualitas, seiring dengan dinamika dan perkembangan masyarakat Kota Baubau, maka sejak tahun 2003 Pemerintah Kota Baubau secara bertahap telah memulai pembangunan RSUD Type B dengan luas areal ± 4 Ha. Rumah sakit ini akan dikembangkan sebagai RSU Pusat Rujukan di Sultra setelah RSU Propinsi Kendari dan sudah beroperasi mulai Agustus tahun 2008. Dengan kapasitas 120 tempat tidur untuk pasien rawat inap, RSUD Kota Baubau Type B secara bertahap akan dilengkapi dengan fasilitas Gedung Bersalin, Gedung Perawatan Umum, Gedung Perawatan Jiwa, Gedung Fisioterapi, Gedung Perawatan Anak, Gedung Perawatan VIP, Gedung Laundry/Dapur, Apotik, Gedung Operasi, ICU, Gedung Isolasi, UGD, Gedung Radiologi dan lain-lain. Fasilitas gedung sebagaimana disebutkan diatas akan dilengkapi secara bertahap pula dengan peralatan medis yang memenuhi standar dan kualifikasi. Sejalan dengan pembangunan RSUD Type B , Pemerintah Kota Baubau terus berupaya meningkatkan kuantitas dan kualitas SDM kesehatan khususnya di RSUD yang ditujukan bagi pemenuhan kebutuhan pelayanan kesehatan yang berkualitas bukan saja bagi masyarakat Kota Baubau akan tetapi juga masyarakat yang berasal dari daerah belakangnya.

Perkembangan Tenaga Kesehatan Di RSUD Kota Baubau, 2003 - 2007 :

Sumber data : Rumah Sakit Umum Daerah Kota Baubau (2008), diolah.

Selain menyelenggarakan upaya kesehatan yang bersifat kuratif dan rehabilitatif di RSUD Kota Baubau, Pemerintah Kota Baubau juga menyelenggarakan upaya kesehatan yang sifatnya promotif dan preventif di Puskesmas dan jaringannya. Untuk menyelenggarakan kegiatan pengembangan kesehatan masyarakat melalui sarana dan prasarana yang telah tersedia, maka Pemerintah Kota Baubau berupaya memenuhi kebutuhan tenaga kesehatan baik dari segi kualitas maupun kuantitas yang dilakukan secara bertahap sesuai dengan kemampuan daerah.

Perkembangan Tenaga Kesehatan di Puskesmas/Puskesmas Pembantu di Kota Baubau, 2003 - 2007 :

Sumber data : Dinas Kesehatan Kota Baubau (2008), diolah.

Jika ditinjau dari efektivitas pelayanan kesehatan, informasi 10 penyakit utama yang diderita oleh masyarakat Baubau dapat pula digunakan untuk mengukur kemajuan dalam bidang kesehatan. Berikut tabel perkembangan penderita 10 penyakit utama di kota Baubau tahun 2003 dan 2009:

Perkembangan Penderita 10 Penyakit Utama di Kota Baubau Tahun 2003 dan 2009

sumber : Dinas Kesehatan, 2010 (diolah)

Tingginya jumlah penderita penyakit pada tahun 2009 disebabkan karena faktor kota Baubau sebagai salah satu kota rujukan dan juga melayani daerah-daerah sekitarnya.