Lahirnya Undang-undang Nomor 13 Tahun 2001 tentang Pembentukan Kota Bau-Bau, secara subtansial merupakan babak baru dalam penyelenggaraan pemerintahan di Wilayah Kota Bau-Bau. Undang-undang ini menandai dimulainya era Pemerintahan Daerah yang otonom pada wilayah Kota Bau-Bau terlepas dari daerah induknya Kabupaten Buton.

Pada hakekatnya otonomi daerah adalah kewenangan daerah untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat menurut prakarsa sendiri berdasarkan aspirasi masyarakat sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Dalam hal ini kewenangan tersebut mencakup seluruh bidang pemerintahan kecuali dalam beberapa kewenangan tertentu sebagaimana di atur dalam Undang-undang pemeritahan daerah.

Sesuai dinamika perkembangan kota Bau-Bau yang terus bergerak, dipandang perlu agar Kota Bau-Bau dapat lebih menunjukkan dan mengenalkan jati diri serta keberadaannya dalam pergaulan daerah-daerah di Nusantara. Dimana sesuai pandangan tersebut, hari ini Kota Bau-Bau telah mengembangkan hubungan-hubungan yang positif dengan berbagai kalangan baik dari dalam negeri maupun dengan luar negeri untuk mengenalkan berbagai potensi kekayaan alam dan budaya yang dimiliki.

Dalam upaya mengenalkan Bau-Bau sebagai salah satu pusat kebudayaan tua di Nusantara kiranya pada tahap awal dapat ditelusuri berbagai peristiwa penting yang pernah terjadi di Bau-Bau yang dapat dijadikan sebagai tahun-tahun rujukan kelahiran Kota Bau-Bau dengan memperhatikan hal-hal sebagai berikut :

1. Bahwa peristiwa tersebut tercatat dalam naskah kuno yang dapat di jadikan rujukan.
2. Bahwa peritiwa tersebut memiliki nilai heroik dalam kepahlawanan Orang Buton di kancah perjuangan nasional.
3. Bahwa peristiwa tersebut memberi dampak terhadap pertumbuhan kawasan yang sekarang di sebut sebagai Kota Bau-Bau.
4. Bahwa peristiwa tersebut memberi pengaruh terhadap dinamika kawasan sekitar Kesultanan Buton pada masanya.

Untuk itu ada kronologis peristiwa-peristiwa besar yang pernah terjadi di Bau-Bau antara lain :

1. Pelantikan Wakaaka sebagai Raja Pertama Kerajaan Buton tahun 1334 M
2. Murhum di angkat sebagai Sultan Buton Pertama pada 1 Ramadhan 948 H atau tahun 1542
3. Kedatangan Mubaligh Syarif Abdul Wahid Bin Syarif Sulaiman tahun 1538 saat Raja dan rakyat Wolio masuk islam secara massal.
4. Zaman Pemerintahan Dayanu Ikhsanuddin (1578-1615) "Undang-Undang Martabat Tujuh" direkam dalam bentuk tulisan (Zahari, 1977:59)
5. Murtabat Tujuh di Undangkan sebagai Konstitusi Negara Kesultanan Buton pada tahun 1610 pada masa pemerintahan Sultan Buton ke-4 La Elangi Dayanu Ikhsanuddin oleh Sapati La Singga di depan Mesjid Agung Keraton dihadiri oleh seluruh aparatur pemerintahan kesultanan, utusan-utusan dari seluruh wilayah negara, para pemuka masyarakat dan seluruh rakyat di Ibu Kota Kesultanan (EA Saidi BcAP dalam Naskah Buton, Naskah Dunia)
6. Tanggal 13 Januari 1613 tahun terjadinya perjanjian Dayanu Ikhsanuddin dengan Kapten Apollonius Scotte (Janji Baana = Pejanjian Pertama)
7. Tahun 1634 zaman pemerintahan Sultan Buton IV Labuke gelar Sultan Gafurul Wa Dudu Benteng Wolio mulai di kerjakan secara gotong royong oleh warga kesultanan yang diselesaikan selama 10 tahun sampai tahun 1644. Pada masa Pemerintahan Sultan La Buke inilah hidup seorang saudagar Besar Wa Ode Wau dimana mata uang Kesultanan Buton Kampua berlaku sebagai alat tukar pada perdagangan di Nusantara.
8. Tahun 1636 terjadi pembantaian terhadap armada VOC, Velzen yang kandas di Pulau Wawonii serta pembunuhan, penyiksaan dan penawanan kru kapal dagang pribadi Belanda yang singgah di Bau-Bau. Alhasil pada tahun 1637 dan 1638 VOC menyerang Bau-Bau dengan maksud dihangus habiskan sebagai balas dendam dan contoh atas pembunuhan keji itu. Akan tetapi kedua serangan itu tidak berhasil merebut Benteng Wolio yang merupakan pusat Kesultanan Buton. Setelah itu sekali-kali saja hubungan antara VOC dengan Kesultanan Buton, Dimana "dari kedua belah pihak terlihat sikap berhati-hati" . (Horst H.Liebner dalam Naskah Buton, Naskah Dunia)

 (Sufi Hisanuddin - Bappeda & PM)